Nació de familia muy humilde en Fontiveros, España, en 1542. Su nombre era Juan Yepes.

A la muerte de su padre, la familia quedó en la miseria.

A los 21 años fue recibido como religioso en la comunidad de Padres Carmelitas. Al ser ordenado sacerdote en 1567, pidió a Dios como especial regalo que lo conservara siempre en gracia y sin pecado y que pudiera sufrir con todo valor y con mucha paciencia toda clase de dolores, penas y enfermedades.

Santa Teresa había fundado la comunidad de las Hermanas Carmelitas Descalzas y deseaba fundar también una comunidad de Padres Carmelitas que se dedicara a observar los reglamentos con la mayor exactitud posible. Mientras tanto nuestro santo le pedía a Dios que le iluminara un modo de vivir tan fervoroso que lo llevara pronto a la santidad. Y he aquí que al encontrarse los dos santos, descubrió Santa Teresa que este frailecito pequeñito, flaco y debilucho era el hombre indicado para empezar su nueva comunidad (ella lo llamaba con humor: "mi medio fraile"). En adelante la amistad entre santa Teresa y nuestro santo los hará crecer mucho en santidad y en ciencias religiosas a los dos.

Con Fray Juan (que en adelante añadirá a su nombre el apellido "De la Cruz") y con otros dos frailes fundó santa Teresa su nueva comunidad de Carmelitas descalzos y los envió a vivir a un convento muy pobre, llamado Duruelo. Allá nace y empieza a extenderse la nueva comunidad, que tantos favores iba a traer a la humanidad. Pronto hubo varios conventos más, y al fundar su nuevo convento en Salamanca, fue nombrado como rector Fray Juan de la Cruz, el cual se dedicó con todas sus fuerzas al apostolado.

La S. Biblia dice que Dios a quien más ama, más le hace sufrir, para que gane mayores premios en el cielo. Y así lo hizo con San Juan de la Cruz. Él mismo cuenta lo que sucedió entonces: "De pronto se alejó la devoción sensible. No sentía ningún gusto al rezar y meditar, sino más bien antipatía y rechazo por todo lo que fuera devoción y oración. Llegaron los escrúpulos que hacían ver como pecado lo que no lo era. Y mientras el demonio atacaba con violentas tentaciones, la gente perseguía con calumnias". Todo esto lo describió él en su libro titulado Noche Oscura del Alma (nombre que desde entonces se ha hecho famoso para indicar el estado especial del alma en crisis). A esto sucedió un período todavía más penoso de sequedad espiritual, y tentaciones, de manera que el alma se veía como abandonada por Dios...". Pero luego vino una inundación de luces espirituales y de santas alegrías y consolaciones, que sirvieron de premio a la paciencia con la cual había soportado todo lo anterior.

Los que no aceptaban esa nueva fundación de Santa Teresa y San Juan de la Cruz, dispusieron alejarlo para que la comunidad fracasara. Y una noche llegaron por sorpresa a su habitación y se lo llevaron preso a Toledo. Allá lo tuvieron encerrado durante nueve meses en la más inhumana de las prisiones. Una piezucha oscura, cuya única ventana era altísima; sin ropa para cambiarse, sin permitirle celebrar misa, con espantosos calores en verano y tremendos fríos en invierno. Con piojos y demás insectos. Allí sufrió San Juan de la Cruz lo que santa Teresa dice que les sucede a los santos cuando llegan a la "Sexta Morada" en santidad: insultos, calumnias, dolores físicos, hambre, sed, angustias espirituales, tentaciones de renunciar a todo su plan de santidad, etc. Más tarde cuando otros le pregunten de dónde ha sacado tanto valor para sufrir toda clase de males, responderá: "Cuando estuve preso en Toledo aprendí a sufrir".

El santo aprovechó aquellos meses de espantosa soledad e inactividad para componer alguna de sus más famosas poesías que lo han hecho célebre en todo el mundo. (En una de ella dice a Dios: "A dónde te escondiste amado – y me dejaste con gemido – Como el siervo huiste – habiéndome herido – Salí tras de Ti clamando y ya eras ido").

Dios le había concedido una cualidad especial: la de saber enseñar el método para llegar a la santidad. Y eso que enseñaba de palabra a personas que dirigía, lo fue escribiendo y resultaron unos libros tan importantes que le han conseguido que el Sumo Pontífice lo haya declarado Doctor de la Iglesia. Algunos de sus libros más famosos son: "La subida del Monte Carmelo", y "La noche oscura del alma". Como poeta ha sido admirado por siglos a causa de la musicalidad de sus poesías y de la belleza de sus versos. Es muy popular su "Cántico Espiritual". Nuestro Santo Padre, San Juan de la Cruz nos enseña que ni el camino de los bienes de Dios ni el camino de los bienes del mundo nos hacen santos, sino, solo el camino de la nada. En ser libres de todo y sobre todo de nosotros mismos, está la verdadera felicidad y la posesión de la vida mística.

Nuestro Señor le dijo un día: ¿Juan qué regalo me pides, por lo que has escrito de mí?". Y él le respondió: "Que me concedas valor para padecer por tu amor todos los sufrimientos que quieras permitir que me sucedan". Y en verdad que le fueron llegando, en gran cantidad. Hubo hombres que se dedicaron a inventarle toda clase de calumnias y hasta querían hacerlo echar de su comunidad religiosa, su salud, después de la prisión era muy deficiente, y llegaron a destituirlo de todos sus cargos y decretaron que debía irse a un convento lejano.

La flebitis y la erisipela le atormentaban una pierna, y el único modo que le permitía descansar un poco era amarrar la pierna a un lazo, y echar este sobre una alta viga y colgar así la pierna. Los superiores le propusieron dos conventos para ir a pasar sus últimos días, el de Baeza, donde estaba de superior uno que lo amaba mucho, y el de Úbeda donde el superior le tenía una tremenda antipatía. Y él escogió el de Úbeda para poder sufrir más. Y allá fue enviado. El superior le echaba en cara hasta la comida y los remedios que le daban. Le quitó un enfermero que era muy atento y puso a que lo cuidara otro que lo trataba mal. No dejaba que le llegaran visitas, y lo humillaba sin cesar. Esto lo hacía crecer cada día más y más en santidad. Todo lo soportaba en silencio con la más admirable paciencia.

Después de tres meses de sufrimientos muy agudos, el santo murió el 14 de diciembre del año 1591. Apenas tenía 49 años. Murió diciendo: "En tus manos Señor, encomiendo mi espíritu".